Se você precisa limpar manualmente e-mails antigos ou até mesmo fazer um script para executar automaticamente em algum intervalo de tempo.
Digamos que eu precise remover emails que estão a 30 dias no servidor com CPANEL:
logue no seu shell e execute o seguinte comando
find /home/*/mail/*/*/ -mtime +30 -type f -delete
OBS: Este comando irá deletar e-mails que estiverem no servidor a mais de 30 dias.
http://mauriciocastro.digital/como-remover-e-mails-antigos-do-exim/